1. Yayasan sebagai Badan Penyelenggara STFT Jakarta bernama Lembaga Yayasan Perguruan Tinggi Teologi di Indonesia, yang semula bernama Het Genootschap voor Hooger Theologisch Onderwijs in Nederlandsch-Indië, dan pada tahun 1948 diubah menjadi Yayasan Lembaga Perguruan Tinggi Theologia di Indonesia dengan Akta Notaris E. Pondaag No.36 tanggal 10 Oktober 1956.
2. Dewan Pengurus Yayasan terdiri atas wakil-wakil dari gereja-gereja di Indonesia, dengan jumlah personalia, komposisi dan tata kerja sebagaimana diatur di dalam Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga Yayasan.
3. Yayasan bertugas menyelenggarakan STFT Jakarta sebagai tempat pembinaan dan pengembangan ilmu teologi dan ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau seni yang berhubungan dengan teologi.
4. Yayasan mempunyai fungsi:
   1. Menetapkan kebijaksanaan lembaga dan statuta STFT Jakarta.
   2. Menetapkan pendirian dan pengembangan program pendidikan sesudah mendapat persetujuan Menteri Pendidikan Nasional, dalam hal ini Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi.
   3. Memilih dan menetapkan Ketua STFT Jakarta atas usulan Senat dan berdasarkan ketentuan lain yang berlaku.
   4. Menerima dan mengesahkan usulan Ketua yang menyangkut perencanaan tahunan, anggaran belanja, tenaga dan sarana.
   5. Menetapkan struktur organisasi STFT Jakarta dan personalianya atas usul Pemimpin STFT Jakarta dengan memperhatikan ketentuan perundang-undangan yang berlaku.
   6. Menerima dan mengesahkan pertanggungjawaban Ketua STFT Jakarta.
   7. Menyediakan dana penyelenggaraan STFT Jakarta.
   8. Memberi dan menerima bantuan ke/dari pihak luar.
   9. Menetapkan dan mengangkat tenaga dosen biasa, tenaga administrasi tetap, serta tenaga-tenaga lain yang diperlukan atas usul Ketua STFT Jakarta.
   10. Menetapkan, melaksanakan dan mempertanggungjawabkan pengadaan sarana, prasarana kampus dengan memperhatikan usul/saran dari Ketua STFT Jakarta.
   11. Menetapkan peraturan keuangan gaji tetap dengan memperhatikan pendapat Ketua STFT Jakarta.
5. Pemimpin dan Anggota Dewan Pengurus Yayasan tidak dibenarkan menjadi Pemimpin STFT Jakarta.
6. Ketua Umum dan Anggota Dewan Pengurus Yayasan menjabat keanggotaan untuk jangka waktu 5 (lima) tahun dan dapat diperpanjang satu periode saja.

ORGAN YAYASAN LEMBAGA PERGURUAN TINGGI TEOLOGI INDONESIA  PERIODE 2023-2028

PEMBINA

PENGURUS

PENGAWAS