STFT Jakarta didukung oleh Gereja-gereja berikut:
1. Huria Kristen Batak Protestan,
2. Gereja Kalimantan Evangelis,
3. Gereja Masehi Injili di Minahasa,
4. Gereja Masehi Injili di Bolaang Mongondow,
5. Gereja Toraja Rantepao,
6. Gereja Protestan Maluku,
7. Gereja Masehi Injili di Timor,
8. Gereja Kristen Sumba,
9. Gereja Injili di Tanah Jawa,
10. Gereja-gereja Kristen Jawa,
11. Gereja Kristen Indonesia,
12. Gereja Kristen Pasundan,
13. Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat,
14. Gereja Protestan Indonesia,
15. Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (PGI), mewakili gereja-gereja anggotanya yang lain.

Dalam pelaksanaan STT Jakarta dikelola oleh empat gereja, yaitu:
• Gereja-gereja Kristen Jawa,
• Gereja Kristen Indonesia,
• Gereja Kristen Pasundan,
• Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat,