Berikut adalah komposisi tim pemimpin STFT Jakarta 2019-2023:

Ketua: Pdt. Septemmy E. Lakawa, Th.D.

Wakil Ketua 1 Bidang Akademik: Pdt. Agustinus Setiawidi, MA, Th.D.

Wakil Ketua 2 Bidang Administrasi Umum dan Keuangan: Barita J.E. Pandiangan, SE

Wakil Ketua 3 Bidang Kemahasiswaan: Novy Amelia E. Sine, M.Th.

Wakil Ketua 4 Bidang Relasi Publik: Pdt. Binsar Jonathan Pakpahan, Ph.D. (sedang cuti sabbatical s.d. Juli 2022)

Pjs. Wakil Ketua 4 Bidang Relasi Publik: Pdt. David Sihite, M.Th., MA.

Formator Spiritual Ekumenis: Pdt. Ester Pudjo Widiasih, Ph.D.

Kepala Program Studi S-1: Pdt. Simon Rachmadi, Ph.D.

Kepala Program Studi S-2: Pdt. Justitia Vox Dei Hattu, Th.D.

Kepala Program Studi S-3: Bambang Subandrijo, Ph.D.